Пётр I познакомился с кофейным напитком в 1697 году, во время Великого посольства в Голландии. Полюбив кофе, он поспособствовал завозу зерна
в Русь — одновременно как с запада, так и с востока. Импорт был дорогой,
и поэтому долгое время напиток предназначался лишь для высших слоев общества. Томск тогда только начинал свое развитие и в основном отражал набеги кочевников, поэтому ни о какой подобной роскоши не могло быть и речи.

В 1920 году на месте пивзавода «Крюгер» здесь даже была открыта одноименная кофейная фабрика, но все упоминания об их деятельности завершились в декабре 1922 года.

В военное время солдатам для поддержания бодрости был важен кофеин, поэтому кофе входил в состав ужинов фронтовиков, а Ботанический сад ТГУ придумал производить заменители на базе боярышника, рябины, шиповника, черемухи, корней лопуха и одуванчика. Никакого другого упоминания кофе в ранней советской истории Томска не встречается — до тех пор, пока в 1985 году в СССР не объявили «сухой закон».

Одно из новых мест — кофейня «Лира». По его словам, это заведение открыли в подвале здания на Ленина 66, которое тогда в результате завершившегося строительства комплекса издательства «Красное знамя» на Фрунзе 103 стало принадлежать редакции газеты «Молодой ленинец» на первом этаже и корпусу отделения журналистики на втором. Другие наши источники утверждают, что «Лира» находилась не именно в этом здании, а рядом с ним. Как бы то ни было, все говорят, что там зарождалась кофейная культура Томска.

В ностальгических обсуждениях на локальном форуме «gorod.tomsk.ru» (ныне недоступен) можно найти комментарии, говорящие о том, что в этом кафе помимо юных журналистов собирались философы, писатели, поэты и музыканты. Другие же студенты посещали кафетерий магазина «Белочка», где находился кофейный автомат, в котором можно было получить напиток с коньяком, несмотря на наличие запрета на алкоголь.

После падения СССР начался кризис — «Лира», «Белочка» и многие другие советские заведения закрылись. А когда экономика оклемалась, взамен турок, ставших скорее домашним видом заваривания, появились эспрессо-машины. Началась «первая волна» индустрии. В это время в Томске открываются кофейни «Traveler's Coffee» (ныне закрытая), «Буланжери», «Буланже».

Совсем скоро, в 2014 году, в Томске открываются кофейни формата «to go» — мелкие точки, продающие авторские напитки с собой. В это время открывается франшиза кофеен «Эндорфин» и приходит федеральный игрок «Coffee Like». Кофе начинает ассоциироваться со сладостью, приходит «вторая волна».

В феврале 2015 года Томск становится городом проведения сибирского этапа чемпионата среди бариста от организации «Specialty Coffee Association». Участники — 47 мастеров приготовления кофе со всей Сибири: 19 из Томска, 9 из Новосибирска, 7 из Красноярска, 6 из Юрги, 3 из Кемерово, 2 из Иркутска, 1 из Брянска. Судьи — 16 профессионалов преимущественно из Москвы и Санкт-Петербурга. Сибирский этап определяет, кто примет участие во всероссийском чемпионате, а всероссийский решает, кто поедет в мировой. Это событие дало толчок к переходу кофе в Томске на понятие «specialty» — сверхвысокое качество зерна и приготовления.

В 2018 году в Томске появляются места, где помимо классических напитков делают «альтернативу» — аэропресс, воронку, кемекс. Первые из них: кафе «Make Love Pizza», большое пространство «Эндорфин», кофе-бар «Чёрный».

Бариста начинают углубленно знакомить гостей с зерном, проводят мастер-классы, открытые каппинги (профессиональные дегустации) и «кофе-движи» (отдельный день под мероприятия, связанные с кофе, — в частности, небольшие локальные чемпионаты).

В 2021 году томская микро-кофейня «PUGsCoffee» открывает первый местный обжарочный цех современного сегмента (ранее кофейни закупали обжаренное зерно из Новосибирска, Москвы и Санкт-Петербурга). Приходит «третья волна».